L’antica Metapontion o Metapontum nacque nel sito che oggi è posto all’incrocio fra le strade statali 175 e 106, compreso tra le foci del Bradano e del Basento, dove già si erano stanziati gli Enotri alla fine del II millennio a.C. e dove i Micenei erano giunti ad allacciare rapporti commerciali.
Fondata da coloni greci dell'Acaia nella seconda metà del VII secolo a.C., divenne molto presto una delle città più importanti della Magna Grecia.
Pare che nell’VIII secolo a.C. i Greci si stanziassero sulla collina delle Tavole Palatine: la città, invece, sorse un poco più a Sud nel VII-VI secolo a.C..
Metaponto stabilì un'alleanza con Crotone e Sibari e partecipò alla distruzione di Siris nel VI secolo a.C.
La sua ricchezza economica  proveniva dalla fertilità del  territorio, testimoniata dalla spiga d'oro che veniva raffigurata sulle monete di Metaponto e che divenne il simbolo stesso della città.
Nel VI secolo a.C. Metaponto ospitò Pitagora che,nel 532 a.C., vi trasferì da Crotone la sua Scuola filosofica, poi rimasta attiva per circa due secoli.
Nel 413 a.C. aiutò Atene nella sua spedizione in Sicilia. Durante la Battaglia di Heraclea, nel 280 a.C., si alleò, invece, contro Roma, con Pirro e Taranto.
Quando Roma vinse definitivamente la guerra contro Pirro, Metaponto fu duramente punita e alcuni esuli metapontini trovarono rifugio a Pistoicos, unica città che era rimasta fedele a Metaponto.
Nel 207 a.C. offrì ospitalità ad Annibale e i romani la punirono nuovamente, distruggendola.
Divenne allora città federata riacquistando il suo splendore intorno al I secolo a.C. L'espansione urbana della città continuò fino all'età romana.
Nel 72 - 73 a.C. la piana di Metaponto fu teatro del passaggio dell’esercito di schiavi e disperati guidati da Spartaco, che la saccheggiarono.
La città, inoltre, sconvolta da numerose lotte interne, iniziò ad indebolirsi sempre più rapidamente.
La zona, diventata malsana, fu quasi abbandonata, al punto che anche il toponimo andò perso, mentre gli edifici venivano utilizzati come cave di materiale di costruzione.
Dal 1167 Metaponto prese a chiamarsi Torre di Mare, ridotta in un piccolissimo borgo. I viaggiatori eruditi del ‘700 riscoprirono gli affascinanti resti sepolti fra le paludi e nel secolo successivo cominciarono i primi scavi archeologici. Negli anni ’50 del 1900, con la Riforma Agraria e dopo i grandi lavori di bonifica, si sviluppò l’attuale centro di Metaponto, nel Comune di Bernalda.

Ai giorni nostri

Ora l'antica città greca è una fiorente stazione balneare che nei quattro mesi estivi, da giugno a settembre, raggiunge complessivamente le trecentomila presenze. Infatti nel suo territorio vi sono più di venti tra campeggi e villaggi turistici, una decina di alberghi e,soprattutto, la lunga spiaggia, disseminata di lidi che attraggono turismo sia diurno che serale, con discoteche all'aperto. Nel suo sviluppo futuro si parla sempre più insistentemente della creazione di un'università specificatamente nella materia di conservazione dei beni artistici e archeologici e  di una scuola internazionale di cinema, costruita e diretta dal noto regista americano di origine bernaldese Francis Ford Coppola. La sede dovrebbe essere quella dell'antico castello medioevale di Torremare, nei pressi della stazione delle Ferrovie dello Stato.
A poca distanza dalla città moderna è situata l'area archeologica di Metaponto con le sue rovine tra cui spiccano le celeberrime Tavole Palatine e il Museo Archeologico Nazionale di Metaponto.

L'attività di ricerca

Nel 1985, nell'ambito degli impegni assunti dall'Eni nei confronti del territorio della Basilicata connessi allo sfruttamento delle risorse di idrocarburo, fu costituito tra l'Eni e la regione Basilicata un consorzio denominato Metapontum Agrobios. L'impegno, poi, passò dall'Agip ad Enichem Agricoltura, per essere assunto, infine, pressoché totalmente dalla regione, con la partecipazione dell'Agenzia Lucana per lo Sviluppo e l'Innovazione in Agricoltura (A.L.S.I.A.).Il consorzio ha per oggetto l'attività per il trasferimento dell'innovazione in agricoltura e nel sistema agro-industriale attraverso progetti di ricerca e servizi analitici nel settore delle biotecnologie vegetali e dell'ambiente.